Die Technik des Augenlaserns ist noch so neu, dass es darüber bisher relativ wenig Langzeituntersuchungen gibt. Da auch kaum aussagekräftiges statistisches Material vorliegt, lassen sich über die langfristigen Risiken noch keinerlei absolut gesicherten Angaben machen. Auf der anderen Seite boomt das Augenlasern derart, dass es in den entsprechenden Kliniken bereits einen Routineeingriff darstellt. Aber selbst nach einem problemlos verlaufenen Eingriff durch einen erfahrenen Operateur können einige unangenehme Nach- und Nebenwirkungen auftreten.

Fast jeder zweite Patient leidet nach dem Augenlasern mehrere Monate lang an trockenen Augen. Ebenfalls mehrere Monate kann eine starke Lichtempfindlichkeit (TLS, Transient Light Sensitivity Syndrome) anhalten.

Auf den Eingriff kann die Hornhaut – auch ohne Infektion! – mit einer Entzündung (Keratitis) reagieren. Des weiteren kann eine Hornhauttrübung auftreten oder die Sicht kann durch Vernarbungen auf der Hornhaut beeinträchtigt sein. Wenn die Hornhaut nach dem Eingriff sehr dünn ist, kann sie möglicherweise dem Augeninnendruck nicht mehr standhalten und sich stellenweise ausbeulen (Keratektasie).

Da die Hornhaut an Einschnittstellen auch nach dem vollständigen Verheilen nie wieder ihre frühere Stabilität erlangt, besteht immer die Gefahr, dass sie beim Einwirken starker Kräfte abgelöst wird und nicht wieder anwächst. Solche Kräfte können bei einem Unfall auftreten, aber auch bei bestimmten Sportarten. Manche Ärzte raten Sportlern deshalb vom Augenlasern ab.

Während des Eingriffs wird der Augapfel am Gerät durch starken Ansaugdruck fixiert. Der dadurch stark erhöhte Augeninnendruck kann den Sehnerv dauerhaft schädigen (optische Neuropathie).

Auch wenn die Operation an sich erfolgreich ist und dem Patienten zu einer normalen Sehschärfe verhilft, können Störungen zurückbleiben, z. B. schlechteres Kontrastsehen (Schleiersehen). Doppelbilder und größere Blendempfindlichkeit durch helle oder glänzende Objekte sind Probleme, die bei Tageslicht auftreten. Bei Dunkelheit werden Lichthöfe (Halos) oder Sterne (Starburst) um beleuchtete Objekte gesehen, die Blendempfindlichkeit ist erheblich gesteigert und die Nachtsicht kann insgesamt so schlecht sein, dass Autofahren bei Nacht unmöglich wird. Alle diese Beeinträchtigungen können einzeln oder kombiniert auftreten und kurzfristig sein, mehrere Monate lang anhalten oder im ungünstigsten Fall auf Dauer bestehen bleiben.